מועצת אגודת הסטודנטים הינה האסיפה הכללית של האגודה והינה הרשות העליונה באגודה. המועצה מונה לכל היותר 45 חברי מועצה, לרבות יו"ר האגודה, סגנו ויו"ר המועצה, שנבחר בישיבתה הראשונה של המועצה. חברי המועצה נבחרים בבחירות אזוריות, אישיות, ישירות וחשאיות ע"י חברי אגודה מאזור הבחירה שלהם ומייצגים למעשה את החוג הלימוד, שמטעמו הם נבחרו.​

תחומי סמכותה של המועצה רחבים כרוחב היריעה:
* היא בוחרת את חברי שאר מוסדות האגודה - ועד מנהל, ועדת ביקורת וועדת מכרזים. החלטותיה מחייבות את כל חברי האגודה, מוסדותיה, עובדיה וכן נושאי תפקידים ומשרות הפועלים בתוכה;
* היא פועלת להגשמת מטרות האגודה, מפקחת על פעולות הוועדות השונות, יתר נושאי התפקידים במסגרת ועל חברות הבת ומפעליה של האגודה;
* היא מאשרת את התקציב השנתי, את המאזן השנתי ואת הדו"חות הכספיים והמילוליים השנתיים של האגודה;
המועצה מתכנסת לישיבה לפחות אחת לרבעון. מועד הישיבות וסדר היום שלהן נקבע ע״י יו"ר המועצה ויו"ר האגודה ומפורסם לכלל הסטודנטים בכלל אמצעי התקשורת של האגודה, כמפורט בתקנון האגודה. מועצת האגודה פועלת בשם ערכי השקיפות והשוויון, לכן הישיבות מנוהלות באופן פומבי וגלוי כאשר כל חבר אגודה מן המניין מוזמן להגיע ולקחת חלק. הצבעות, החלטות ושמות הנוכחים מפורסמים בפרוטוקולים של המועצה; ניתן לקרוא את פרוטוקולי ישיבות המועצה בכפתור המצורף מטה.
ניתן לפנות ליו"ר המועצה בכל נושא במייל: Moatza@bis.org.il​​​​

​למעוניינים, ניתן לקרוא את פרוטוקולי ישיבות המועצה בכפתור המצורף מטה: